LRZ-Newsletter Nr. 9/2009 vom 01.09.2009

Unsere Themen:


Termine, Veranstaltungen, Allgemeines


LRZ twittert

Das LRZ bietet seit Kurzem seine Informationen auch über Twitter an. Die "Aktuellen LRZ-Informationen", der LRZ-Newsletter und Neues zum nächsten Supercomputer "SuperMUC" werden über Twitter angekündigt:

Die bisherigen Kommunikationskanäle bleiben unverändert erhalten!

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Zugangsbeschränkungen im Eingangsbereich des LRZ

Bis Mitte September finden im LRZ-Gebäude in Garching Arbeiten zur Hall-Reduzierung im Erdgeschoss statt.

Daher ist in dieser Zeit mit folgenden Einschränkungen zu rechnen:
- die Benutzerarbeitsplätze (PCs, MACs, Sondergeräte) stehen nur sehr reduziert zur Verfügung

Wir bitten für diese Einschränkungen um Verständnis.

Sollten Sie genauere und aktuellere Informationen benötigen, dann rufen Sie bitte 089/35831-8000 an.

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LRZ am 06.09.2009 auf dem Ars Electronica Festival

Beim diesjährigen Festival Ars Electronica 2009 wird das Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften in Garching bei München (LRZ) die Live-Demonstration „In-silico Experiments – Live from LRZ“ im Rahmen der Konferenzreihe "Pixelspaces“ des Ars Electronica Futurelab vorstellen.

Das Festival für digitale Kunst und Medienkultur wird als Grundstein der Ars Electronica seit 1979 jährlich in Linz durchgeführt, in diesem Jahr vom 3.-8. September mit dem Thema „Human Nature“. Es ist in seiner Art das international bedeutendste Festival für digitale Kunst, das Trends und langfristige Entwicklungen zukunftsorientiert in Form künstlerischer Werke, Diskussionsforen und wissenschaftlicher Begleitung vorstellt. Im Vorjahr waren 484 Künstler & Sprecher aus 25 verschiedenen Ländern mit dabei.

Austragungsort für die Konferenzreihe „Pixelspaces“ ist das Ars Electronica Center (AEC), auch als „Museum der Zukunft“ bezeichnet, und 1996 in Linz-Urfahr eröffnet. Besucher haben dort die Möglichkeit mit interaktiven Installationen zu spielen oder virtuelle 3D Welten im Deep Space zu erforschen, außerdem werden permanente Computer­kunst-Installationen gezeigt.

Für die Demonstration des LRZ wird ein reales Experiment live im Computer nachgebildet ("In-silico Experiment"). Dabei wird die Simulation eines Protein-Moleküls auf dem Höchstleistungsrechner HLRB II des LRZ in Garching bei München gestartet und gleichzeitig online in Linz auf der 16m x 9m großen Leinwand des AEC Deep Space in Stereo 3D visualisiert. Die Simulation ist interaktiv und kann dadurch während der Laufzeit begutachtet und beeinflusst werden. Der Forscher wird nicht nur zum Beobachter, sondern zum Akteur im simulierten molekularen Geschehen. Diese Demonstration zeigt einen Blick in die Zukunft der Biowissenschaften, die mit Hilfe von Supercomputern Unsichtbares sichtbar machen.

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LabVIEW-Train-the-Trainer LabVIEW Basics I 8.-10.9.09

Die Fa. National Instruments lädt zu einem dreitägigen, kostenfreien Train-the-Trainer-Kurs „LabVIEW Basics I“ ein.

Lernen Sie die Grundlagen und die Philosophie der grafischen Entwicklungsumgebung für die Mess- und Automatisierungstechnik – NI LabVIEW – kennen. Erstellen Sie virtuelle Instrumente, debuggen Sie Ihre Applikationen, erfassen Sie Daten mit einer Multifunktions-Datenerfassungskarte und steuern Sie Messgeräte über die Schnittstellen IEEE 488.2 (GPIB) und RS232.

Kursinhalte:
• Einführung in die Methoden der Softwareentwicklung
• Einführung in NI LabVIEW
• Erstellen von VIs und SubVIs
• Schleifen und Schieberegister
• Darstellen von Daten auf Schreibern
• Case-Struktur
• Formelknoten
• Fehlersuche in VIs
• Modulares Programmieren
• Datenerfassung über Multifunktionskarten* von NI mithilfe des DAQ-Assistenten
• Gerätesteuerung und Instrumenten-I/O-Assistent
*In diesem Kurs wird die Laborplattform NI ELVIS II eingesetzt.

Datum: 08. bis 10. September 2009
Zeit: jeweils 9:00 bis 17:00 Uhr
Ort: LRZ H.U.010

Kursdoku: Handbuch als Leihgabe für 3 Tage

Der Referent Jan Kniewasser, Applikations Engineering, NATIONAL INSTRUMENTS GERMANY GMBH, freut sich auf Ihre Teilnahme!

Melden Sie sich gleich an!
Senden Sie Ihre Anmeldung per E-Mail an sandra.wild@ni.com oder registrieren Sie sich online.

Autor: Rüdiger Oechsle

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Workshop: Interactive Molecular Modelling with Desmond

Desmond and its source code are available without cost for non-commercial use by universities and other not-for-profit research institutions.

Date: 16. Sept 13:00 - 18:00.

Location:

   Leibniz Supercomputing Centre
Boltzmannstraße 1
85748 Garching bei München
Schedule:
  • 13:00 - 14:30 Molecular Modelling with Desmond (in Lecture Hall H.E.009, without registration)
  • 14:30 - 15:00 Coffee Break
  • 15:00 - 18:00 Hands-on Session (in Course Room H.U.002, max 24 people)

The course will include a hands-on session for a limited number of participants (max. 24 participants). The presentation at 13:00 is open for everybody (no registration necessary).

For registration for the hands-on session, please send an e-mail which includes your name and your address to: Helmut.Satzger@lrz.de

More details: http://www.lrz-muenchen.de/aktuell/ali3513/

Autor: Helmut Satzger

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Zentrale Systeme und Grid Computing


HPC Systems: New software packages available

Since the beginning of 2009, a number of new and updated application and development software packages have become available on our HPC systems. To keep you up-to-date, a list of the most important updates is provided in the following.

Quantum Chemistry and Molecular Dynamics

  • The 2009 release of the Gamess package is now available on the Itanium-based HPC systems
  • After a six year interval, the Gaussian package has received a major update. The gaussian/09.A.02 module can be loaded on all HPC systems to access this release.
  • Already some months ago, the NWChem software package was updated to version 5.1. The Release Notes provide an overview of new features.
  • Schrödinger is a newly licensed software package; it particularly comprises the Jaguar and Macromodel programs.

Mathematical and Statistical Software, Computer Algebra

  • The 2009A release of MATLAB is available on the x86_64 based systems. As a cop-out for IA64 systems, Octave can be used there (updated to 3.2).
  • Mathematica has been updated to version 7.0. Note that with this release, IA64 support is discontinued.
  • Release 2.9 of the R software packages is available on the x86_64 based systems. The R installations on all HPC platforms now include parallel functionality.

Development environment

  • Version 11.1 of the Intel compilers is now available on all HPC systems, comprising most of the Fortran 2003 object-oriented features as well as extended C++0x support. It is also the compiler recommended for use if you require OpenMP 3.0.
  • Version 10.2 of the Intel Math Kernel Libraries with extended FFTW support, performance improvements and additional APIs for sparse systems etc.
  • Version 6.1 of the Intel Performance Primitives
  • Version 2.2 of the Intel Threading Building Blocks
  • Forcheck has been updated to release 14, which now supports Fortran 2003 provided an appropriate fortran compiler module is configured.

Autor: Reinhold Bader

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Multicore Software Initiative

Multi- und Many-Core Prozessoren haben sich nicht nur im Hoch- und Höchstleistungsrechnen etabliert, sondern dominieren bereits heute den Desktopmarkt. Der technologische Wandel von immer leistungsfähigeren Einzelprozessoren hin zu Vielkernprozessoren, deren serielle Leistung im besten Fall nur noch graduell zunimmt, hat damit Auswirkungen in alle Bereiche der numerischen Simulation. Nur die effiziente und möglichst parallele Nutzung von Prozessorkernen wird in Zukunft eine Leistungssteigerung für numerische Applikationen erlauben. Die vorliegende Initiative hat zum Ziel, Wissenschaftler bei der Anpassung ihrer numerischen Anwendungen an diesen Wandel zu unterstützen. Konkret soll die effiziente und breite Nutzung der verfügbaren Parallelrechner und Clustersysteme gefördert werden.

Typische Aufgabengebiete umfassen:

  • Analyse der Einzelprozessor-Performance
  • Analyse des Kommunikationsverhaltens
  • Optimierung und Parallelisierung von Simulationsprogrammen
  • Skalierung mit professionellen Werkzeugen
  • Optimierung und Parallelisierung von Simulationsprogrammen
  • Anpassung von Softwarepaketen an moderne Rechnersysteme und Compiler
  • Integration der Rechensysteme des LRZ und des RRZE in den Workflow einer Arbeitsgruppe
  • Verbesserung von Restart- und I/O-Fähigkeiten 
  • Analyse der verwendeten Löser und Algorithmen und Test möglicher Alternativen

Primäre Zielarchitekturen für diese Arbeiten sind die Arbeitspferde der beiden beteiligten Rechenzentren: Der Bundeshöchstleistungsrechner am LRZ vom Typ SGI Altix4700, die umfangreichen Linux-Cluster am LRZ und am RRZE in Erlangen sowie der Windows-Compute-Server-Cluster am RRZE. Bei Bedarf kann auch der Einsatz alternativer Systeme wie NEC-Vektorrechner (HLRS Stuttgart) oder IBM BlueGene (JSC Jülich und MPG Garching) und IBM Power6 (MPG Garching) evaluiert werden.

Zur Durchführung der genannten Arbeiten können Wissenschaftler oder Doktoranden an eines der beiden Rechenzentren für einen Zeitraum von bis zu zwei Monaten eingeladen werden. Dort erhalten sie einen persönlichen Ansprechpartner, der sie bei den Arbeiten unterstützt und berät. Die während des Aufenthalts am Rechenzentrum anfallenden Personalkosten für den Wissenschaftler oder Doktoranden trägt das KONWIHR-II bis zur Höhe der DFG-Personaldurchschnittssätze. Für Antragsteller außerhalb der Standorte Erlangen und München/Garching kann ein Zuschuss zu den Reise- und Aufenthaltskosten gewährt werden.

Diese Initiative wendet sich an Forschergruppen und Wissenschaftler an bayerischen Universitäten und Fachhochschulen. Anträge auf Förderung können zunächst bis zum 30.11.2009 jederzeit bei den KONWIHR-II-Geschäftsstellen an der TU München sowie dem Regionalen Rechenzentrum Erlangen (RRZE) eingereicht werden. Auf vier bis sechs Seiten sollen das wissenschaftliche Problem und die eingesetzten Methoden und Algorithmen kurz beschrieben sowie die verwendete Software, konkrete Arbeitsaufgaben sowie das Ziel der beantragten Arbeiten vorgestellt werden. Darüber hinaus sind Angaben zum bevorzugten Aufenthaltszeitraum und Gastrechenzentrum erforderlich. Eine Kontaktaufnahme mit einem der beiden Rechenzentren vor Antragsstellung wird zur Klärung der Verfügbarkeit von möglichen Betreuern und Spezialwissen empfohlen. Anträge sind vom federführenden Wissenschaftler des Projekts einzureichen und werden vom Direktorium und dem Beirat von KONWIHR-II begutachtet.

KONWIHR-Geschäftsstellen:
KONWIHR-Geschäftsstelle Süd:
c/o Lehrstuhl für Informatik 10
Technische Universität München    
Boltzmannstraße 3
85748 Garching b. München
Tel. +49-89-289-17654
E-Mail: bode_at_in.tum.de
KONWIHR-Geschäftsstelle Nord
c/o RRZE
Universität Erlangen-Nürnberg
Martensstraße 1
91058 Erlangen
Tel. +49-9131-85-28136
E-Mail: konwihr_at_rze.uni-erlangen.de
Ansprechpartner an beiden Rechenzentren:
Leibniz-Rechenzentrum (LRZ)
Dr. Matthias Brehm
Boltzmannstraße 1
85748 Garching b. München
Tel. +49-89-289-35831-8773
E-Mail: brehm_at_lrz.de
 Regionales Rechenzentrum Erlangen (RRZE)
Dr. Gerhard Wellein
Universität Erlangen-Nürnberg
Martensstraße 1
81058 Erlangen
Tel. +49-9131-85-28136
E-Mail: gerhard.wellein_at_rrze.uni-erlangen.de

Weitere Informationen über KONWIHR-II und Forschungsgebiete im Umfeld des High Performance Computing finden Sie auf der KONWIHR-II-Webseite: http://www.konwihr.uni-erlangen.de.

Für diese Software-Initiative ist auch ein Flyer verfügbar: PDF-Flyer.

Autor: Matthias Brehm

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HPC Tools: Allinea presentation at LRZ

Allinea Software (www.allinea.com) is a producer of tools for debugging, profiling and analyzing scalar and parallel applications. It presently is in the process of extending the functionality of its toolset to cover GPGPU GPU Computing (accelerator) programming as well as very large-scale parallel programs (petascaling). All interested parties are therefore invited to a public talk covering the Allinea toolset. It is scheduled to take place on

October 30, 2009 from 11:30 am - 1:00 pm

in room H.E.008 of the LRZ building on the campus area Garching, Boltzmannstr. 1.

Autor: Reinhold Bader

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Courses and Tutorials for High Performance Computing (Winter 2009/2010)

Kompaktkurs: Iterative Gleichungssystemlöser und Parallelisierung
     Mon Sep 14,  2009, 9:00 - Fri Sep. 18 2009, 15:30

VAMPIR: Trace analysis and optimization of parallel programs
     Mon Sep 28, 2009, 8:30 -18:00

Introduction to the Usage of High Performance Systems, Remote Visualization and Grid Facilities at LRZ
     Thu Oct 8, 2009 14:00-17:00

High-Performance Computing with GPGPUs
     Wed Oct 14 - Thu Oct 15, 2009, 9:00-18:00

Parallel Programming with dynamic languages
     Wed Oct 20 - Thu Oct 21, 2000, 9:00-18:00

Introduction to the PGAS languages UPC and CAF
     Wed Jan 20, 2010 9:00-18:00

Einführung in Virtual Reality
     Fri Jan 22, 2010, 10:00-12:00

Programming with Fortran
     Mon Feb 8 - Fri Feb 12, 2010, 9:00-18:00

Scientific 3D Animation with Blender
     Thu Feb 18, 2010 – Fri Feb 19, 2010

Parallel Programming of High Performance Systems
     Mon March 8 - Fri Mar 12, 2010, 9:00-18:00

Advanced Topics in High Performance Computing
     Mon Mar 22 - Wed Mar 24, 2010, 9:00-18:00

Introduction to Molecular Modeling on Supercomputers
     Wed Apr 14 – Thu Apr 15, 2010

See details and link to regisgtration see:
http://www.lrz-muenchen.de/services/compute/courses

Autor: Matthias Brehm

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HLRB, KONWIHR and Linux-Cluster Workshop:
High Performance Computing in Science and Engineering - Preparing for Petascale Systems

The Workshop is scheduled for December 8 – December 9, 2009, at Leibniz Supercomputing Centre in Garching near Munich.

The workshop covers the scientific projects from the timeframe 2008-2009 and serves as a forum for the exchange of experiences between the user communities as well as between users and LRZ. Participants from new projects are also invited for presentations. This year, the workshop will be organized together with the HLRB Review and Results Workshop.

LRZ is presently entering into the active phase of procuring the successor system to the HLRB II. The new system will provide Petascale performance levels (more than 1015 floating point operations per second, several 1015 Byte of disk space, and slightly less than 1015 Byte of main memory). Many projects on the Linux-Cluster have reached a size and quality, where they may be suited to use part of such a system. The workshop will also give you the unique opportunity to present your current and/or new challenging projects as well as your requirements on future hardware and software. LRZ for its part will sketch its plans for the procurement.

In times with tight budgets it is necessary to demonstrate the proficient and efficient use of computing resources. Only then LRZ can provide you with the required resources. Hence, we would like to ask you to take actively part in this workshop and use the opportunity to publish your results in the proceedings.

Deadline for Abstract and Report is: October 18, 2009.

More information about the workshop including online registration is available under: http://www.lrz-muenchen.de/services/compute/hlrb/reviewworkshop

Autor: Matthias Brehm

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Stellenangebote des Leibniz-Rechenzentrums


Stellenangebot Groupware

Das Leibniz-Rechenzentrum (LRZ) ist das gemeinsame Hochschulrechenzentrum für die Ludwig-Maximilians-Universität München, die Technische Universität München und die Bayerische Akademie der Wissenschaften. Es betreibt für seine Nutzer u.a. hochverfügbare Mailservices mit zentraler Spam- und Virenabwehr.

Diese Services sollen schrittweise zu integrierten Groupware-Lösungen auf Basis von Microsoft Exchange 2007 aus- bzw. umgebaut werden. Dazu gibt es eine Pilotinstallation, die nun in den Produktivbetrieb überführt werden soll. Für dieses interessante Projekt suchen wir

eine(n) wissenschaftliche(n) Mitarbeiter(in).

Zu Ihren Tätigkeiten gehören:
  • Entwicklung und Realisierung von Betriebskonzepten (z.B. Ausfallsicherheit, Monitoring, Backup);
  • Mitwirkung bei der Anbindung an die bestehenden Verzeichnisdienste;
  • Migration von Nutzern der bestehenden Mailsysteme;
  • Bereitstellung von Schnittstellen für Self Services in den Benutzerportalen;
  • Betrieb der Exchange 2007 Umgebung im Team von Mail- und Windows-Experten;
  • Second Level Support bei Anwenderfragen und -problemen.
Unsere Anforderungen an Sie:
  • erfolgreich abgeschlossenes Universitäts- oder Fachhochschulstudium in einem
    IT-orientierten Studiengang;
  • Team- und Kommunikationsfähigkeit;
  • Fähigkeit zum selbständigen und konzeptuellen Arbeiten;
  • vorteilhaft sind praktische Erfahrungen im Mail- bzw. Groupware-Serverbetrieb, vorzugsweise mit Microsoft Exchange 2007;
  • ebenso vorteilhaft wären Kenntnisse in den Bereichen Active Directory, Windows Server und Windows PowerShell.
Wir bieten:
  • fundierte Einarbeitung für Berufsanfänger;
  • Mitarbeit in einem abwechslungsreichen Projekt mit nachhaltigen Zielen;
  • ein universitäres Arbeitsumfeld mit zahlreichen Gestaltungsfreiräumen;
  • einen Arbeitsplatz in einem modernen Rechenzentrum, das einen der schnellsten Rechner der Welt beherbergt.
Die Stelle ist zunächst auf zwei Jahre befristet und kann sofort besetzt werden. Die Bezahlung erfolgt nach TV-L. Schwerbehinderte Bewerberinnen oder Bewerber werden bei gleicher Eignung bevorzugt.

Für eine erste Kontaktaufnahme oder für nähere Auskünfte wenden Sie sich bitte an Herrn Dr. Hartmannsgruber (Tel.: 089/35831-8783, E-Mail: hartmannsgruber@lrz.de).

Schicken Sie uns Ihre Bewerbung mit den üblichen Unterlagen bitte bis spätestens 30.09.2009, und zwar entweder elektronisch (bitte nur ein zusammenhängendes Dokument) an

apel@lrz.de (Subject: Stellenangebot Groupware 2009/14)

oder schriftlich an

Leibniz-Rechenzentrum
Frau Hannelore Apel
- Stellenangebot Groupware 2009/14 -
Boltzmannstraße 1
85748 Garching bei München

Bitte beachten Sie, dass wir eingereichte Unterlagen aus organisatorischen Gründen generell nicht zurückschicken. Senden Sie daher am besten nur Kopien ein. Auf Umschlagsmappen und Schutzhüllen etc. kann verzichtet werden.

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Impressum

Herausgeber:
Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften

Anschrift:
Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften
Boltzmannstraße 1
D-85748 Garching

Telefon: +49-89-35831-8000
Telefax: +49-89-35831-9700
E-Mail: lrzpost_AT_lrz.de

Redaktion: Dr. Ludger Palm

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