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kommt noch

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LINUX Cluster Project

Department Biologie I Mikrobiologie


Institution

  • Name: Biozentrum der LMU, Department Biologie I
  • Address: Großhaderner Str. 2-4, 82152 Planegg-Martinsried
  • Project Proposal Date: 2018-05-24 17:08:21

Abstract:

Wir benötigen vor allem Rechenleistung, um ein Genom zu assemblieren, das in der AG in einer Kollaboration sequenziert wurde. Zu diesem Zweck sollen sowohl de-novo-Assemblies als auch Mappings auf ein Referenzgenom ausprobiert und kombiniert werden, was vor allem auf großen Datenmengen und somit höherer RAM-Leistung aufbaut, als sie hier auf lokalen Rechnern möglich sind. Das Assembly ist ein Optimierungsprozess und nicht mit einem Programmdurchlauf erledigt, weshalb eine möglichst schnelle Bearbeitung nötig ist. Für möglichst schnelle Verarbeitung der Daten bieten einige Programme die Möglichkeit, den Rechenablauf zu threaden. Die Tools sind bereits existent und programmiert in Java oder C, und wurden bereits auf einem leistungsschwächeren Linux-Server getestet, wo sie zwar leicht an zu geringem Arbeitsspeicher scheitern, doch ansonsten problemlos laufen. Die Programmbeschreibung von zum Beispiel SOAPdenovo gibt an, dass es vor allem für 64Bit Linux-Systeme mit einem Minimum von 5GB physischem Speicher entwickelt wurde. Zudem sollen auch kombiniert mit diesen gegebenen Anwendungen Erweiterungen selbst entwickelt werden, dann in Perl und vor allem auch in Java. Segmentation of bacterial cells on time-lapse micrographs using a python implementation of UNet machine learning algorithm.