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LINUX Cluster Project

Genomorganisation


Institution

  • Name: Biomedizinisches Centrum München: Molekularbiologie
  • Address: Großhaderner Str. 9, 82152 Planegg Martinsried
  • Project Proposal Date: 2019-01-09 11:16:35

Abstract:

Ziel dieses Projektes ist die Evaluierung der Nutzbarkeit von Präprozessierungspipelines für Next Generation Sequencing (NGS) Daten auf dem Linux Cluster des LRZ. Um der ansteigenden Belastung der lokalen Rechenkapazitäten durch NGS Datenprozessierung zu entgegnen, wollen wir einen Teil der Kalkulationen - insbesondere diejenigen mit hoher CPU und Arbeitsspeicherbelastung und langer Rechenzeit - mittelfristig in LRZ-HPC Systemen durchführen. Hierfür benötigen wir Ersthand-Information um abschätzen zu können wie leicht eine solche Umsetzung ist. Im Rahmen des Projektes werden wir unterschiedliche Programme testen, die parallelisierte Routinen (durchschnittlich 10 threads) mit oder ohne hohe Arbeitsspeicherbelastung (max 100 GB RAM/Job) der NGS Präprozessierung (Read Mapping und Genomindexierung) abdecken. Wir benötigen für dieses Projekt 5 TByte project file space.