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LINUX Cluster Project

Betrieb eines Labor-EDV-Systems


Institution

  • Name: Institut für klinische Chemie und Pathobiochemie
  • Address: Ismaninger Straße 22, 81675 München
  • Project Proposal Date: 2017-05-22 10:51:00

Abstract:

Vor sieben Jahren konnte die rekurrente Translokation t(5;9)(q33;q22) in mehreren Patienten identifiziert werden, welche an einem sogenannten peripheren T-Zell Lymphom (PTCL) erkrankt waren. Die Translokation generiert ein Fusionsgen, welches sich aus einem N-terminalen Teil der Interleukin-2-induzierten Kinase (ITK) sowie der C-terminalen Kinase-Domäne der Spleen Tyrosin Kinase (SYK) zusammensetzt (Streubel 2006). Innerhalb unserer Arbeitsgruppe konnte diese Translokation im Rahmen eines präklinischen Mausmodells realisiert werden (Pechloff 2010). Hierfür wurde die im Menschen identifizierte cDNA des Fusionsgens gemäß bekannter Methoden mit flankierenden loxP Sequenzen (Cre-loxP-System, vgl. z.B. Orban 1992) in murine, embryonale Stammzellen eingebracht. Im weiteren Verlauf konnten transgene Mäuse generiert werden, die das Fusionsprotein konditional in allen T-Zellen exprimieren (Pechloff 2010). Als Phänotyp zeigte sich ein stetiger Anstieg ITK-SYK exprimierender T-Zellen im Blut der Mäuse, welcher im Mittel nach ca. 6 Monaten als massive lymphoproliferative Erkrankung letal endete. Neben Splenomegalie und Lymphadenopathie waren die Mäuse von einer starken T-Zell- Invasion in Leber, Nieren, Lunge und Knochenmark betroffen. In der Histologie zeigte sich eine diffuse Infiltration hochproliferativer T-Zellen, welche die natürliche Organstruktur zerstörte (Pechloff 2010). Auf molekularer Ebene konnten die Autoren neben einem konstitutiv aktiven T-Zell-Rezeptorsignalweg auch die Expansion einiger weniger T-Zell-Klone nachweisen. Wir haben innerhalb der letzten drei Jahre nun über 20 dieser murinen Lymphome charakterisiert und neben umfassenden Whole Exome Sequenzierungen auch diverse RNAseq Datensätze hiervon erstellt. Aufgrund einer Kooperation mit einer der führenden Forschergruppen im Feld humaner PTCL verfügen wir darüber hinaus über eine umfangreiche Sammlung humaner RNAseq Lymphomdaten. Unser Ziel ist es nun unsere Daten aus der Maus mit den humanen Daten mit Hilfe der Bioinformatik zu vergleichen und so Gemeinsamkeiten offenzulegen, welche neue Hypothesen und Einsichten in der Biologie dieser Lymphome ermöglichen können.