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LINUX Cluster Project

Abteilung Kardiologie


Institution

  • Name: Lehrstuhl für Innere Medizin I
  • Address: Ismaninger Straße 22, 81675 München
  • Project Proposal Date: 2019-10-08 14:38:37

Abstract:

Gen-Regulatorische Netzwerke spielen bei der Entstehung von Entwicklungsfehlbildungen, wie beispielsweise kongenitalen Herzerkrankungen, eine wichtige Rolle. Bei kongenitalen Herzfehlbildungen liegt es nahe, dass diese Fehlregulation bereits auf der Ebene der kardialen Vorläuferzellen stattfindet. Wir haben die Möglichkeit mit Hilfe humaner pluripotenter Stammzellen eine Population multipotenter kardialer Vorläuferzellen zu generieren und Teile der kardialen Entwicklung in vitro nachzustellen. Ziel dieses Projekts ist es genomweite RNA-Sequenzierungsdaten von unterschiedlichen Entwicklungsstufen der Kadiogenese zu analysieren und mit RNA-Sequenzierungsdaten aus nativem Patientenmaterial zu vergleichen. Außerdem liegen Exom-Sequenzierungsdaten dieser Patienten vor, die in diese Analyse miteinbezogen werden. Zudem werden wir mit Hilfe von Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP) Enhancer und Super-Enhancer Elemente identifizieren und damit neue Einsichten in das transkriptionelle Netzwerk während der Kardiogenese zu erhalten. Für die bioinformatischen Analysen werden für dieses Projekt Rechenzeiten am Linux-Cluster des LRZ benötigt.