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LINUX Cluster Project

The wheat pan genome


Institution

  • Name: Professur für Pflanzengenom und Systembiologie
  • Address: Alte Akademie 8, 85354 Freising
  • Project Proposal Date: 2017-06-01 16:29:20

Abstract:

Das Projekt umfasst die Analyse der Nutzpflanze Weizen im Hinblick auf biologisch relevante Merkmale. Auf Grundlage der Genomsequenz wird mit bioinformatischen Methoden zuerst eine umfassende Annotation der in der Sequenz enthaltenen Gene erstellt waehrend parallel dazu die in grosser Anzahl vorhandenen repetitive Bereiche identifiziert und ggfs. maskiert werden. Neben der reinen Detektion solcher Bereiche ist zudem auch die Auswertung der Komposition repetitiver Elemente von grossem Interesse. Zudem wird auch eine funktionale Annotation der detektierten Gene erstellt um eine Zuordnung der Gene zu biologischen Prozessen zu ermoeglichen. Die aus diesen Berechnungen gewonnen Erkenntnisse bilden die Grundlage fuer nachfolgenden vergleichenden Analysen und erlauben es, sortenspezifische Merkmale bzw. merkmalsrelevante Gene zu identifizieren.