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LINUX Cluster Project

NGS data analysis


Institution

  • Name: Lehrstuhl für Tierphysiologie und Immunologie
  • Address: Weihenstephaner Berg 3, 85354 Freising
  • Project Proposal Date: 2016-10-27 10:35:34

Abstract:

The Linux Cluster at Tierphysiologie & Immunologie Weihenstephan will be used in order to perform high throughput "Next Generation Sequencing data analysis". We will utilize this Linux Cluster to study the following aspects in bovine Physiology and in human Immunology. small RNA Biology: 1) Prediction of microRNA target mRNAs (human and bovine). 2) The interactions between small-RNAs with mRNAs (mainly the microRNA and mRNA target gene interaction). 3) Integrative mRNA and microRNA analysis. 4) The prediction of human and bovine isomiRs. 5) Built-up of an isomiR database. Single-cell gene expression studies: 1) Gene expression differences in various Lymphocyte subpopulations. 2) mRNA gene expression studies in multiple 1000 cells. 3) Time course comparisons of multiple 1000 cells.