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LINUX Cluster Project

Computational Phylogenetics


Institution

  • Name: Department für Geo- und Umweltwiss. Lehrstuhl Paläontologie und Geobiologie
  • Address: Richard-Wagner-Straße 10, 80333 München
  • Project Proposal Date: 2019-10-23 11:27:56

Abstract:

In our project we development models and algorithms for Bayesian phylogenetic analyses of molecular data. That is, we primarily use aligned molecular sequence data to estimate first gene trees for each locus independently. Then, we combine the gene trees to estimate a species tree. In the next step we use fossil data or biogeographical data to date the species phylogeny. Finally, we use the species phylogeny to estimate diversification rate and macroevolutionary processes in general. The models that we develop are all stochastic processes. All analyses are performed in a Bayesian statistical framework using Markov chain Monte Carlo simulations, e.g., using variants of Metropolis-Hastings algorithm, to approximate the posterior probability distributions of the parameters of interest. We develop the software ourselves and validate the algorithms and implementation via simulations and published empirical data.