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LINUX Cluster Project

IT am Lehrstuhl Rädler


Institution

  • Name: Lehrstuhl für Experimentelle Physik - Weiche kondensierte Materie
  • Address: Geschwister-Scholl-Platz 1, 80539 München
  • Project Proposal Date: 2019-01-29 16:53:14

Abstract:

Das Projekt befasst sich mit der Toxizität von Nanopartikeln sowie mit den Transfektions- und Expressionsraten von mRNA in menschlichen Zellen. Dabei werden die Zellen auf Einzelzell-Arrays aufgetragen und mit geeigneten Fluoreszenzmarkern versehen. Das Fluoreszenzverhalten der Zellen wird durch zeit­aufgelöste Fluoreszenz­mikroskopie für einen Zeitraum von zwei bis drei Tagen beobachtet. Mithilfe hauseigener Bild­ver­arbeitungs­software werden aus den Fluoreszenz­mikro­skopie­aufnahmen die Fluoreszenzkurven der einzelnen Zellen extrahiert. Aus diesen Fluoreszenzkurven sollen nun automatisiert Kenngrößen des Fluoreszenz­verhaltens errechnet werden. Dabei interessiert uns vor allem, zu welchem Zeitpunkt die Fluoreszenz einsetzt, beziehungsweise welches Modell der zugrundeliegenden zellinternen Mechanismen das Fluoreszenzverhalten am besten beschreibt. Dazu werden die Fluoreszenzkurven mit der Maximum-Likelihood-Methode gefittet. Derzeit werden mit einer Messung etwa 500 bis 1000 Einzelzellspuren generiert und auf schnellen Arbeitsplatzrechnern (Intel Core i7-5820K) weiterverarbeitet. Es ist jedoch geplant, 10.000 und mehr Zellen zu messen. Um die Rechenzeit dennoch kurz zu halten, wollen wir die Auswertung künftig auf dem Linux-Cluster durchführen. ----- The aim of our project is the theoretical study of vibrational frequencies for organic semiconductor materials, composed of small molecules like Pentacene and DHDAP. This calculation will be helpful to connect the results to the analysis of experimental FTIR spectra of these molecules and to get an insight on the exact composition of our samples. We will need a program that allows Z-matrix inputs and that has the possibility for optimization of geometry and studying the frequencies. Our input molecules will not be complicated, but still not calculable on a normal personal computer. We therefore apply for the Linux-Cluster for this theoretical calculation project.