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LINUX Cluster Project

Linux-Cluster Neurologie RDI


Institution

  • Name: Neurologische Klinik und Poliklinik
  • Address: Ismaninger Str. 22, 81675 München
  • Project Proposal Date: 2018-04-18 17:39:10

Abstract:

Im Kontext des Projektes werden genetische und klinische Daten u.a. von Multiple Sklerose Patienten analysiert. Bei den genetischen Daten handelt es sich primär um sogenannte Microarray-Genotypdaten, mit denen genomweite Assoziationsstudien durchgeführt werden (lineare und logistische Regression). Hierbei wird unter anderem untersucht, inwiefern klinische Parameter, z.B. Blut- oder MRT-Parameter, durch genetische Varianten beeinflusst werden. Typischerweise enthält eine Analyse ca. 3000 Patienten mit jeweils 8 Millionen genetischen Varianten. Die Analyse solcher Datensätze ist daher sowie rechenzeit- als auch speicherintensiv. Für die Qualitätskontrolle und Analyse der genetischen werden Open Source Kommandozeilen-Linuxprogramme verwendet, die auf ähnlichen Linuxclustern bereits vielfach eingesetzt wurden (PLINK, QCTOOL, GCTA). Diese Programme verwenden optimierte Bibliotheken für lineare Algebra zur Beschleunigung der Berechnungen und die Operationen sind teilweise parallelisierbar (Multithreading).