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LINUX Cluster Project

Biocomput


Institution

  • Name: ZIEL Core Facility Microbiome
  • Address: Weihenstephaner Berg 3, 85354 Freising
  • Project Proposal Date: 2018-11-30 13:08:28

Abstract:

Das Mikrobiom des Darms besteht aus bis zu 300 Bakterienarten pro Mensch und ca. 3000 Arten in der Bevölkerung. Es gibt einen Zusammenhang zwischen Ernährung, Krankheiten des Darms und den bakteriellen Besiedlern des Darms. Die Bakterien werden über eine Sequenzierung der 16S rRNA Gene in ihrem Artenspektrum erfasst und die Daten müssen nun statistisch ausgewertet werden. Wir haben einen Probenumfang von 2500, der mit normalen Desktop-Geräten nicht mehr zu bewältigen ist. Zusätzlich zu den Sequenzierdaten umfassen die auszuwertenden Daten noch 220 numerische sowieso kategorische Informationen zu sozio-demographischen und gesundheitlichen Hintergrund der Probanden. Die Auswertung über einen CPU Kern an den vorhanden Geräten kann bis zu zwei Wochen für eine Analyse in Anspruch nehmen und somit nicht mehr zu bewältigen.