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LINUX Cluster Project

RNASeq beim hypoplastischen Linksherzsyndrom (HLHS)


Institution

  • Name: Deutsches Herzzentrum München
  • Address: Lazarettstr. 36, 80636 München
  • Project Proposal Date: 2018-08-29 12:27:35

Abstract:

Wir untersuchen das Hypoplastische Linksherzsydrom (HLHS). Dies ist ein schwerer angeborener Herzfehler, bei denen eigentlich fast das ganze linke Herz fehlt. Die Kinder brauchen mehrere Operationen, bei denen final alles auf den rechten Teil "umfunktioniert" wird. Von diesen Kindern haben wir induzierte pluripotente Stammzellen (iPS) gemacht. Diese können nach bekannten, publizierten Protokollen gezielt zu Herzmuskelzellen (Kardiomyozyten, CM) in hoher Reinheit generiert werden. Es wurde ein Single Cell RNAseq von diesen CM gemacht und dann versucht diese mit den CM von Ips Zellen, welche aus gesunden Probanden stammen zu vergleichen. Diese Analyse ist mit einem Kooperationspartner aus Stanford durchgeführt worden. Gerne würden wir versuchen: 1. Subpopulationen in diesen CM für HLHS und Kontrollen zu detektieren. 2. Diese vergleichen, dh gibt es bestimmte Subpopulationen, die z.B. gar nicht in einer Gruppe vorkommen? 3. Worauf basieren die Subpopulationen? Welche Gene sind exprimiert?