Software-Initiative des KONWIHR

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Die Software-Initiative des Kompetenznetzwerks für technisch-wissenschaftliches Hoch- und Höchstleistungsrechnen in Bayern zielt darauf ab, in enger Zusammenarbeit zwischen Forschungsgruppen und Rechenzentren, die effiziente Nutzung von HPC-Ressourcen durch die Anwendungswissenschaftler zu verbessern. Zudem sollen die Rechenressourcen auch für Forschergruppen ohne fundierte HPC-Kenntnisse zugänglicher und leichter nutzbar werden. Zur Bearbeitung der einzelnen Projekte arbeitet ein Mitarbeiter der Partnerorganisation zu halber Arbeitszeit am LRZ, wobei aufkommende Probleme in einem wöchentlichen Treffen mit LRZ-Mitarbeitern diskutiert  und Lösungsansätze entwickelt werden. In diesem Jahr werden am LRZ drei Projekte aus den Lebenswissenschaften gefördert.

Projektpartner sind Prof. Rost der TU München und PD Dr. Ege vom Haunerschen Kinderspital des Klinikum der der Ludwig-Maximilians-Universität München und PD Dr. Gerald Mathias von der Ludwig-Maximilians-Universität München.

Implementierung hochparalleler Rechenverfahren zur Datenreduktion in der Mikrobiomanalyse

Der Hintergrund dieses KONWIHR-Projekts ist das EU-Projekt HERA (Host-environment interactions in the protection from asthma and allergies), welches Umwelteinflüsse auf die Herausbildung von Asthmaerkrankungen und Allergien im Kindesalter untersucht. Hierbei wird das Metagenom, also die  Gesamtheit der genomischen Information der Mikroorganismen der Kinder, mittels einer DNA-Analyse erhoben und dessen Einfluss auf die  Entstehung von Asthmaerkrankungen untersucht. Die für eine solche Metagenomanalyse notwendigen Programme wurden in der Toolbox QIIME („quantitative insights into microbial ecology“) zusammengefasst. Das Ziel des Projekts besteht in der Portierung sämtlicher Anwendungen von QIIME auf die Rechenressourcen am LRZ sowie der Anbindung der Rechensysteme an gängige Workflowtools wie Taverna oder Galaxy.

Implementierung von Workflows aus der Bioinformatikauf auf den Rechensystemen des LRZ am Beispiel von Sequenzvariantenanalysen

Es sollen Workflows zur Sequenzvariantenanalyse auf den Rechensystemen am LRZ implementiert werden. Der Fokus liegt dabei auf der Anwendung PredictProteine, die vom Rostlab bereits seit dem Jahr 1992 als Webservice angeboten wird. Der Webservice legt dabei alle bisher berechneten Ergbenisse in einerm großen Datenarchiv ab. Auf diesem Datenarchiv sollen nun Metaanalysen auf den HPC-Systemen des LRZ durchgeführt werden.

Computational Fluid Dynamics  CFDLab-KONWIHR: See the actual projects

Iphigenie

Das dritte Projekt Iphigenie hat die Skalierbarkeit und Last-Balancierung des gleichnamigen Molekular-Dynamik-Codes zum Ziel. Ebenso wird der Einsatz von Intel Xeon Phi Beschleuniger-Karten evaluiert. Der Code erlaubt bereits die Kopplung von molekularmechanischen und quantenchemischen Simulationen auf vielen Rechenknoten des SuperMUC.

Highlights

Kickoff-Meeting, 29.10.2014

Steckbrief

Projektlaufzeit

1.11.2014 – 31.10.2015

Kontaktperson

Dr. Christoph Bernau, Dr. Helmut Satzger

Förderorganisation

Bayerische Forschungsallianz (Kompetenznetzwerk für technisch-wissenschaftliches Hoch- und Höchstleistungsrechnen in Bayern)

Website

http://bayfor.org/konwihr

Partnerinstitutionen

  • Kinderklinik und Kinderpoliklinik im Dr. von Haunerschen Kinderspital
  • Ludwig-Maximilians-Universität München
  • Leibniz-Rechenzentrum