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CHARMM

CHARMM is a program for molecular dynamics and mechanics. It performs standard molecular dynamics in many different ensembles (e.g., NVE, NVT, NPT) using algorithms for timestepping, long range force calculation and periodic images.

Inhalt

Allgemeines

Installierte Version

Version: c32b1 (August 2005)
Betriebssystem: Linux
Rechner: Altix und Itanium Cluster

Lizenzgeber

Prof. Martin Karplus
Department of Chemistry, Harvard University
12 Oxford Street,
Cambridge, MA 02138
U. S. A.

Programmzweck

CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics is a program for molecular dynamics and mechanics. It performs standard molecular dynamics in many different ensembles (e.g., NVE, NVT, NPT) using algorithms for timestepping, long range force calculation and periodic images. CHARMM can be used for energy minimization, normal modes and crystal optimizations as well. The potential energy functions available for use with CHARMM have been extensively parameterized for simulations of proteins, nucleic acids and lipids. Free energy methods for chemical and conformational free energy calculations are also fully developed and available in CHARMM. The program combines standard minimization and dynamics capabilities with expert features including free energy perturbation (FEP), correlation analysis and combined quantum and molecular mechanics (QM/MM) methods. Many other novel tools have been developed and are available in CHARMM, these include: replicas (multiple copies); many types of restraints and constraints, including fixed atoms, atomic, NOE, dihedral and internal coordinate restraints and generalized SHAKE for bonds and arbitrary internal coordinates; minimium energy path following and transition state optimization; etc.

Lizenzbestimmungen

CHARMM darf nur für Aufgaben im Rahmen von Forschung und Lehre eingesetzt werden.

Mit der Ausnahme von kleinen Testläufen muß jeder Benutzer von CHARMM eine eigene Lizenz für das Produkt über das LRZ beantragen.

Zugriff und Ausführung

CHARMM ist auf der altix als parallele und sequentielle Version installiert. Auf dem Linux-Cluster ist nur die sequentielle Version installiert. Beide executables sind für mittelgroße Systeme ausgelegt.

Die Bereitstellung erfolgt mit dem pro Sitzung/Job einmaligen Aufruf von:

module load charmm

Sequentielle Version

Die Ausführung von CHARMM erfolgt mit:

charmm.seq < filename.inp > filename.out [[paramaeter] ...] [&]

Parallele Version von CHARMM

Um die parallele Version ausführen zu können, muss die Environment-Variable NCPUS gesetzt werden. Diese gibt an, auf wievielen Prozessoren charmm parallel ablaufen soll.

Beispiel für bash/ksh:

export NCPUS=4

oder für csh/tcsh:

setenv NCPUS 4

Die Ausführung von CHARMM erfolgt dann mit:

charmm.par < filename.inp > filename.out [[param:value] ...] [&]

Dokumentation/Manuale/Useful Links

Literatur

S. Swaminathan and M. Karplus: CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization, and Dynamics Calculations, J. Comp. Chem. 1983

Dokumentation

Useful Links

Betreuung

Mit Fragen in Zusammenhang mit dem Rechenbetrieb wenden Sie sich bitte an Dr. Momme Allalen oder an Dr. Matthias Brehm.