Institution
- Name: Dept. Physik E22 (Biophysik), Technische Universität München
- Address: James-Franck-Str., 85748 Garching b. München
- Project Proposal Date: 2009-08-19
Abstract:
Unsere Forschung zielt auf ein Verständnis der Funktion und Dynamik von zellbiologischen Prozessen auf der molekularen Ebene. Speziell untersuchen wir den Mechanismus von Proteinen, die mit Mikrotubuli interagieren. Zur Planung von molekularbiologischen, kinetischen und biophysikalischen Experimenten an diesen Proteinen ist die Analyse der Kristallstrukturen und der Dynamik der Strukturen in wässriger Lösung unerlässlich. Wir möchten insbesondere vorhandene Kristallstrukturmodelle visualisieren und analysieren (Hydratisierung, Oberflächenladungen etc.) und ihr Verhalten auf kurzen Zeitskalen simulieren (Molecular Dynamics). Ein mittelfristiges Ziel ist die Modellierung von Interaktionen verschiedener Protein-Komponenten. Auf Grundlage der Ergebnisse können wir Mutationen planen und kinetische Modelle testen. Spezifisch möchten wir die Dimerisierung von Kinesin (PDB-Code 3KIN) untersuchen, sowie die Hexamerisierung von AAA-ATPasen (insbesondere 3B9P) und ihre Interaktion mit Mikrotubuli-Filamenten (1TUB und andere). Ergebnisse der Modelle und Simulationen können wir nutzen, um Modelle für den katalytischen Zyklus und den enzymatischen Mechanismus aufzustellen.